高密度石墨坩埚的热膨胀系数虽低，但在极端温差下仍或许发生裂纹。例如，若从高温直接置于冷金属桌面，或许因急冷导致破裂。因而，需严格控制升降温速率，并防止机械冲击。

高密度石墨坩埚本钱较高，若因环境控制不妥导致损坏，将增加实验本钱。此外，高温、高压或腐蚀性环境或许引发安全事故，需经过专业设备（如马弗炉、手套箱）和操作规程下降危险。

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